한기원 님, 안녕하세요?
답변이 너무 늦었네요. 죄송합니다.

혹시 평소 달리기 외에 다른 운동을 하지 않으시는지요? 예를 들어 근력운동이나 대체 훈련 등...
잠잘 때 무릎이 많이 쑤신다는 것은 무릎에 걸리는 체중의 과도한 부하와 관련이 있지 않을까 하는 생각이 듭니다.

운동하기 전에 스트레칭과 준비운동을 충분히 하시는지요? 아침에는 모든 근육이 이완되어 길이가 짧아져 있기 때문에 충분히 걷기와 느린 조깅, 그리고 스트레칭을 통해 유연성과 온도가 올라간 상태에서 달려야 합니다.

그리고 근력운동을 하지 않고 달리기만 하면 앞쪽 근육들의 힘이 뒤쪽 근육들의 힘보다 약해져서(달리는 다리 뒤쪽 근육들을 더 강화시키기 때문에) 근력의 불균형 때문에도 무릎에 받는 스트레스가 더 많아질 수 있습니다.

어쨌거나 지금보다 속도를 조금 줄이고 근력운동을 주당 2일 정도 해서 근력을 강화시키고 근력불균형을 해소하는 것이 문제해결책이 될 듯합니다.

오늘도 즐겁고 건강한 하루 만드시길 빕니다. 이동윤 드림